微生物污染是食源性疾病最常見(jiàn)的致病因素。自然界的水天然含有各種細菌，再經(jīng)過(guò)管道系統傳送到家家戶(hù)戶(hù)，如果不進(jìn)行滅菌處理的話(huà)，就成了“細菌培養液”。即使再把它們加熱滅菌，對經(jīng)產(chǎn)生的毒素也往往無(wú)能為力。所以，在源頭就進(jìn)行滅菌處理，并在自來(lái)水系統中保持抑制細菌生長(cháng)的能力，就成了飲用水安全至關(guān)重要的一個(gè)方面。

        目前最常用的滅菌手段是加氯。通常，把氯氣或者二氧化氯通入水中，形成次氯酸和次氯酸根。它們具有超強的氧化能力，能夠殺滅多種細菌。氯氣、二氧化氯、次氯酸、次氯酸根，都不穩定。在光照、加熱等條件下，會(huì )進(jìn)一步轉化成鹽酸、氯酸，也會(huì )形成少量的其他含氯化合物。

        在自來(lái)水中會(huì )留下很少次氯酸和次氯酸根，來(lái)實(shí)現對細菌的抑制。換句話(huà)說(shuō)，自來(lái)水中需要一定的“余氯”存在才能保證自來(lái)水在輸送過(guò)程中的安全。氯氣或者二氧化氯是自來(lái)水殺菌的方案中經(jīng)濟高效的一種。盡管不如臭氧那么“高級”，但效率與成本的優(yōu)勢使得它依然在世界許多地方廣泛使用，但任何一種方式，都會(huì )帶來(lái)殺菌之外的后果——各種各樣的“滅菌副產(chǎn)物”。2007年，《突變研究》（Mutation Research）上發(fā)表了一篇綜述，總結了過(guò)去30年中各種飲用水殺菌方式所產(chǎn)生的副產(chǎn)物，總共有85種，其中有11種在美國被列為受控指標。而其它的74種缺乏足夠的數據來(lái)評估它們對健康的影響，也就無(wú)法設立安全標準。盡管如此，WHO等機構認為這些滅菌副產(chǎn)物帶來(lái)的“可能風(fēng)險”比不滅菌導致的“真實(shí)風(fēng)險”要低幾個(gè)數量級。

        既然能殺菌，自然會(huì )有一定的毒性。而直接用氯處理的水進(jìn)行的動(dòng)物實(shí)驗和人體實(shí)驗，都顯示了很高的安全性。比如1982年發(fā)表的一項人體試驗，每公斤體重0.34毫克的劑量下，也沒(méi)有觀(guān)察到任何不良反應。這個(gè)劑量是試驗中使用的的最高劑量，所以不清楚到底要高到什么劑量才會(huì )出現不良反應。不過(guò)，它已經(jīng)大大高于人們可能從飲食中攝入的氯了。因此，只要沒(méi)有聞到或者嘗出自來(lái)水中的氯味———這種令人不愉悅的刺激性味道，就不用擔心其中的余氯。就算是其中有一點(diǎn)余氯，在蒸煮東西時(shí)，也會(huì )主要分解成氯離子、氯酸根和氧氣。前兩者不會(huì )蒸發(fā)，后者不會(huì )影響健康，擔心有氯“包覆在食物上”從而對人有害，是沒(méi)必要。